امروزه استفاده گسترده از اسپرم های خانواده‌های محدود گاو هلشتاین در سراسر دنیا که باعث افزایش تعداد دختران حاصل از پدران انتخابی و افزایش هم‌خونی در جامعه گاوهای هلشتاین و بروز مشکلات ناشی از آن شده است، همچنین این مسئله موجب گسترش برخی از نواقص و بیماری‌های ژنتیکی نهفته در جمعیت گاوهای شیری دنیا شده است. و از سوی دیگر، باعث برطرف شدن محدودیت‌های روش سنتی اصلاح دام می باشد که شامل موارد ذیل است: _ هزینه‌های ارزیابی بالا و در نتیجه بالا بودن قیمت مواد ژنتیکی _ عدم امکان تشخیص درست تنوع موجود در جمعیت _ افزایش فاصله نسل _ کاهش میزان پیشرفت ژنتیکی

بنابراین از آنجایی که موفقیت انتخاب ژنومی بر پایه برآورد اثرات نشانگرها با صحت بالا برای پیش‌بینی ارزش‌های اصلاحی افراد با استفاده از ژنوتیپ نشانگرها استوار است. پس از محاسبه ارزش‌های اصلاحی ژنومی، از این ارزش‌های اصلاحی برای رتبه‌بندی حیوانات و سپس انتخاب بهترین حیوانات برای آمیزش استفاده می‌شود. اثرات نشانگرها در یک جمعیت مرجع برآورد می‌شوند که هم دارای اطلاعات فنوتیپی و هم دارای اطلاعات ژنوتیپی هستند. وقتی اثرات نشانگرها برآورد شدند، ارزش اصلاحی ژنومی کاندیداهای انتخاب به‌صورت مستقیم با در دسترس بودن فقط اطلاعات نشانگرهای حیوانات قابل محاسبه است. درکشور ما متاسفانه جمعیت مرجع گاوهای هلشتاین موجود نمی‌باشد و ارزش‌گذاری صفات بر اساس عملکردهای مشاهده شده در جمعیت آمریکای شمالی باید ارزش‌گذاری شوند. با توجه به سیاست‌های کلان در بخش تولید و لزوم استفاده حداکثری از منابع در دسترس، یکی از افق‌های بهبود تولید که هم‌راستا با اقتصاد مقاومتی در زمینه پرورش گاو شیری در برهه کنونی است، شناسایی و توسعه دام‌های با ژنتیک برتر در سطح گله‌های گاو شیری در کشور می‌باشد. پیاده‌سازی این طرح افزایش بهره‌وری تولیدی و تولید مثلی را در گله های گاو شیری در کشور می‌باشد.‌